主要区别是发病原因不一样，下丘脑闭经是下丘脑和垂体内分泌功能异常使卵巢功能障碍而导致的，比较常见的原因包括长期情绪不好和精神紧张，也有可能是慢性肝脏疾病或者是慢性肾脏疾病造成的。多囊卵巢综合症主要与遗传和环境有一定关系，是体内雄激素水平过高导致无排卵。