夫妻基因不匹配的后果，一般可能会导致出现有自然流产，胚胎停孕，胎儿发育畸形等的情况发生。这时候需要夫妻双方进行体检，选择基因进行体外检测，获取高质量的卵子和精子，然后可以适当采用一些体外受精试管婴儿的方式，提高正常妊娠的怀孕率，从而减少流产的发生，就可以获得健康的宝宝。