造成胚胎停止发育的原因很多，首先就是先天性的发育异常，由于胚胎存在缺陷，就会自然的停止发育。其次就是物理化学的不良刺激，如外伤、运动过度、使用某些药物、吸烟喝酒，、放射线照射等，会损伤胚胎，从而使其停止发育。第三就是女性患有一些疾病，也会造成胚胎停止发育。