睡醒后眼结膜充血，会有很多因素引起，如结膜炎、角膜炎、倒睫、干眼症、视疲劳、青光眼等，具体是什么原因还需要到眼科就诊检查下才能明确。建议您到眼科就诊，一般通过视力、眼压、裂隙灯检查等可明确病因及诊断，然后再在医生指导下用药治疗，大多数都能好转。期间注意休息，注意保持眼部清洁，不要揉眼等，以免加重充血。