睑板腺囊肿手术不痛苦的，手术之前需要采取局部麻醉，如使用丁卡因滴眼。大多数患者在手术过程中，不会感觉到任何不适感的，手术做完后，随着麻醉药物的药效逐渐消失时，会引起轻度疼痛不适感，配合抗生素类滴眼液控制局部感染，然后用纱布包扎患处，一周后术后症状都会逐渐消失的。