治疗沙眼的眼药水主要是抗生素眼药水，例如0．1％的利福平滴眼液，1天4次滴眼；西环素眼膏，每天2－4次，持续10－12周。也可以采用氧氟沙星滴眼液、左氧氟沙星滴眼液、环丙沙星滴眼液，或者是诺氟沙星滴眼液等。还有磺胺类消炎药，如15％磺胺醋酰钠滴眼液。急性期和严重的沙眼，可以全身口服阿奇霉素等。