可能会留下疤痕，但是睑板腺囊肿通常属于比较小的手术，因此疤痕一般不是特别的明显，但是如果自身属于疤痕体质，可能会比较明显。可以到正规的医院进行治疗，医生的经验以及技术都比较丰富，能够减少疤痕的生成，而且在做完手术以后，也要避免伤口出现感染的情况，也能够预防疤痕生成。