口腔粘膜病科主要的治疗的疾病有，比较常见是复发性阿弗他口腔溃疡，腺周口疮，口腔的扁平苔癣，白斑，红斑，粘膜下异常纤维化，天疱疮，类天疱疮，以及细菌性口炎，疱疹性口炎和真菌性口炎等疾病。同时还治疗舌头表面的疾病，比如地图舌，沟纹舌，慢性舌炎，菌状乳头舌炎，口腔粘膜钻干燥综合症等。