手术的时候一般不会有疼痛。做粘液腺囊肿手术通常会采取局麻，所以在手术过程中不会引起疼痛感，当麻醉药消失之后，可能会引起疼痛，这种疼痛会在人体耐受的范围内，不用太过于担心。做完手术之后，也要观察术后是否有出血或者血肿，保持口腔内的卫生能够预防囊肿再次发作和口腔感染。