真菌性鼻窦炎一般可以通过手术治疗，如果鼻窦炎是真菌性球形或者是过敏性真菌性以及急性或者慢性侵袭性的鼻窦炎，可以在医院进行手术治疗，而且治疗效果很好。当鼻窦炎是非侵袭性真菌引起的，可以通过鼻窦开口或者鼻窦病变清洗来治疗，通过清除鼻腔和鼻窦病理组织来改善症状。