用棉签掏耳朵后耳朵里面疼可能是因为耳道粘膜发炎引起的，还有可能是因为鼓膜穿孔导致的，也不排除是外耳道炎的原因。如果患者出现耳鸣、听力下降、耳痛、耳塞等症状，可以使用左氧氟沙星滴眼液等药物进行治疗。如果是鼓膜穿孔引起的，可以通过鼓膜修复手术进行治疗。