打完九价疫苗咽喉疼痛主要是疫苗产生了不良的反应，也不排除是身体上火引起的喉咙疼痛，也可能是注射部位红肿热痛引起的。在医生的指导下口服一些清热解毒的药物来进行治疗，也可以通过喝水的方法来进行改善，一定要合理的休息，注射完疫苗之后不要做一些剧烈的运动。