会厌囊肿治疗的主要有效方法就是做手术。不过，引起会厌囊肿的原因不一样，可以采取不完全相同的治疗措施。如果患者的会厌囊肿是因为感染性因素引起的，在囊肿不大的情况下，也可以使用抗感染的药物进行治疗。但是，囊肿较大或者抗感染治疗无效、或者先天性的囊肿，都是以手术治疗为主。