病毒扁桃体或者细菌扁桃体的区别在于感染的类型和症状，前者是由病毒感染导致的，后者是由细菌感染导致的，所以患者才会表现出咳嗽或者进食疼痛等症状。患者可以立即到耳鼻喉科，通过化验血沉或者C反应蛋白等方法来检查，确诊以后，可以用抗病毒药物或者抗菌药物进行治疗来缓解。