扁桃体疼痛大多数是细菌感染引起，也有可能是病毒感染引起，如果是病毒感染引起的，没有特效抗病毒药物，建议多喝水，注意休息，可以采取清热解毒中成药缓解症状，如果是细菌感染，可以采取青霉素类或头孢类抗生素药物治疗，具体用药需要到耳鼻喉科就诊，在医生指导下用药，不要自己盲目用药。