多数需要在医生指导下口服抗真菌类药物来治疗，也可以通过静脉注射给予药品，这样能够使真菌性鼻窦炎所引起的不良症状逐渐得到改善。真菌性鼻窦炎在发作时有可能会引起打喷嚏、流鼻涕、鼻塞、头痛等许多不良表现。治疗期间密切观察自身症状是否有所好转，如果比较严重，还可能需要介入手术清除病变。