庆大霉素的副作用主要包括对听力的损伤，对肾功能的损伤，对神经系统的损伤，对肠道正常菌群的影响以及过敏反应。由于使用庆大霉素的途径不一样，可能产生的不良反应有一定的差异。如果患者通过胃肠道途径使用庆大霉素，胃肠道的刺激症状相对比较明显，其他的副作用比较弱。