扁平疣是由人乳头瘤病毒感染所引起的。病毒没有完整的细胞器，只是以简单的核酸形式存在，寄生于活体细胞中，因此药物治疗因受到细胞保护而不能有效，但离开活体后不能存活。大多数病毒抵抗力不强，酸、碱、醇等化学消毒剂，紫外线、干燥环境等均能灭活，离开寄生体后很快就会死亡。