主要区别是致病菌不一样，真菌毛囊炎的致病菌是真菌，而细菌毛囊炎的致病菌是细菌，大多是金黄色葡萄球菌。另外真菌性毛囊炎和细菌性毛囊炎的发病部位也不一样，真菌性毛囊炎就发生在胸部和后背部位，而细菌性毛囊炎都发生在面部和臀部或者是外阴部位。真菌性毛囊炎需要使用抗真菌药物进行治疗，细菌性毛囊炎需要使用抗生素药物对症治疗、