肺部真菌感染性疾病的直接原因，就是肺组织感染了真菌。导致肺部感染真菌的原因，与身体免疫系统的功能下降有关，也与侵入性的操作有关。因各种疾病的原因，大量使用免疫抑制剂或者糖皮质激素，导致免疫功能下降；因感染艾滋病病毒或者患有恶性肿瘤导致免疫力下降；进行肺部的侵入性检查而导致真菌感染。