大脚趾甲凹凸不平的原因，最为主要的就是真菌感染。真菌感染引起的指甲病变，除了表面凹凸不平以外，一般都会由夹板增厚、指甲表面颜色异常，指甲失去光泽度等各种表现。除了真菌感染会引起这种症状以外，还有可能是因为长期患有全身性的慢性疾病而导致指甲发生改变。