扁平疣的治疗，包括物理治疗和药物治疗。如果患者的扁平疣有继续加重的趋势，一般都需要服用一些调理免疫功能的药物，如胸腺肽肠溶片、匹多莫德分散片等。使用这些药物可以增强免疫系统的功能，清除体内的人乳头状瘤病毒。同时，在病变的部位外涂咪喹莫特乳膏进行治疗，或者是做激光、冷冻治疗。