藿香正气水不治疗脚气，因为藿香正气水主要用于寒湿之症。脚气病是由于脾胃湿热，久居潮湿的环境，湿热下注而引起的，中医认为可以使用三妙丸治疗。西医诊断脚气病是由于真菌引起的，可以使用抗真菌的药物治疗。比如硝酸米糠唑，达克宁软膏，克霉唑软膏等涂抹治疗。