扁平疣是人乳头状瘤病毒引起的。人乳头状瘤病毒大体上可以分为皮肤高危型病毒、皮肤低危型病毒、黏膜高危型病毒和黏膜低危型病毒。引起扁平疣的是皮肤低危型人乳头状瘤病毒。扁平疣的病程具有一定的自限行，大部分患者在1~3年内能够自愈。个别患者病情持续，需要进行适当的治疗。