扁平疣用咪奎莫特也是有治疗效果的。扁平疣是由人乳头瘤病毒感染引起，咪喹莫特具有治疗人乳头瘤病毒的作用，具体作用机制尚不清楚，但是它跟局部免疫可能有一定的关系，咪喹莫特在使用的时候要保护周边正常的组织，然后在局部患处进行涂擦治疗。咪喹莫特常用于治疗肛周生殖器的尖锐湿疣，对扁平疣也有治疗效果，另外也用于基底细胞癌的治疗。