抗真菌药物的治疗方法分为外用，内服和静脉滴注三种，药物剂型选取因病而异，浅部真菌病，如体癣，股癣，手足癣等，以外用药为主。头癣，甲真菌病，皮肤粘膜念珠菌病以内服抗真菌药物为主。常见的深部真菌病如隐球菌病，孢子丝菌病，曲霉菌等可以口服伊曲康唑，两性霉素b，碘化钾等药物治疗。用药的疗程也应根据菌种的不同而定。