衣原体感染性妇科病长期不治疗会导致病菌上行，从早期的阴道炎症可能会形成输卵管炎或是子宫内膜炎，而且从阴道分泌物增动，也会逐渐发生腹部疼痛的症状，严重的可能还会引起发烧，甚至还会造成输卵管炎性肿块，阻塞输卵管。如果有生育要求的女生，可能还会造成异位妊娠。