肠溃疡的发生原因是比较复杂的。有可能是因为病毒、细菌、真菌等病原体感染引起的感染性炎症发展为溃疡；也有可能是因为服用了一些具有肠道刺激性的药物后引起的肠道溃疡；还有可能是由于自身免疫功能障引起的肠道溃疡性疾病。另外，各种原因影响了肠管的血液供应，导致肠管壁发生缺血性病变，也会引起肠管溃疡。