消化道念珠菌病属于念珠菌病内脏型的一种，最常见的是念珠菌肠炎，常常伴有低热，发生在腹泻病基础上。念珠菌食管炎的主要症状，是出现恶心、呕吐、拒食、吞咽困难和流口水。患儿可以诉说胸骨下疼痛，有烧灼感和吞咽痛，胸片检查可以看到食道狭窄，蠕动改变，食道镜检查可以看到白色厚膜。