甲沟炎和灰指甲的区别主要表现为：甲沟炎是发生在指甲周围软组织的炎症性疾病，大部分都是化脓性细菌感染。发病之前很多都有拔出倒刺或者不正确的修剪指甲、嵌甲等病史，治疗药物以抗生素为主。灰指甲是发生在指甲本身的一种炎症性疾病，是真菌感染引起的。患病过程中可能没有明显的疼痛感，主要表现为指甲本身的颜色和质地异常。