由于真菌感染发病相对缓慢，时间较长，发病时眼部疼痛，畏光，流泪等刺激症状相对较轻，因而往往被忽视，大多数患者在眼睛受伤后不加以重视，被发现得病时大多已耽误最佳治疗时机，所以多带来不良的后果。治疗真菌性角膜炎常用的药物有：匹马霉素，咪康唑，氟康唑，二性霉素B，特比奈芬等。