室友盖过的被子是否有扁平疣病毒是不一定的。扁平疣病毒虽然是hpv病毒，但是属于一型，一般被褥传染几率小，只要身体没有破口一般不会被传染，或者当身体免疫力下降的时候才有可能被传染。所以建议不要太紧张，要保持愉悦心情，坚持锻炼身体，增加自身免疫力。建议让患者积极使用抗病毒的药物治疗。