长效青霉素最主要的副作用就是有可能引起药物过敏反应，长期使用的情况下，可能导致菌群失调或者引起二重感染。过敏反应的表现形式，在不同的个体之间有显著差异。轻微的可能仅表现为皮疹，严重的可能会引起白细胞减少，间质性肾炎，过敏性哮喘，过敏性休克等。不过对于绝大多数的患者来说，还是相对比较安全的。