手背长小肉包的治疗可以在专业医生的指导下服用抗病毒的药以及涂抹干扰素软膏来治疗，也可以选用手术以及激光治疗的方法。手背长小肉包的主要原因可能由于病毒感染而引起的，患者可以到当地大型的正规医院做进一步检查，明确病因选择正确的治疗方法。