这两者最主要的区别是：骶尾脓肿主要是骶尾部受细菌感染导致的炎症化脓性病变，而藏毛窦主要是一种皮脂囊肿。这是两者的本质区别。藏毛窦主要是生长在骶骨尾部的一种疼痛性的囊肿，需要手术治疗的，而骶尾脓肿主要是化脓感染，治疗上需要口服抗炎药治疗，服用药物效果不好，需要切开引流，将里面脓液排出。