两者最主要的区别是蛋白质分子大小不同，胶原蛋白属于大分子蛋白的，人们服用后不易消化吸收，容易加重胃肠道负担，易引起消化不良等症状。而胶原蛋白肽主要是小分子蛋白质，这个多为人工合成，是将大分子的胶原蛋白分解成小分子后产生的，易于人们吸收，对胃肠道没有刺激，并且人们吸收后利用率较高。