扁平疣的颜色变成了褐色，并不是扁平疣严重的表现。扁平疣的病灶颜色有可能与正常肤色一致，也有可能呈浅褐色或者是深褐色，不论哪一种颜色的扁平疣，对于这种疾病来说都是正常的表现。如果扁平疣的病程持续三年也不能自行消退，建议最好是给予适当的治疗。可以局部外涂药物，也可以做激光或者冷冻。