生殖器疱疹可以在医生指导下使用黄连软膏，或者如意软膏等治疗。如果疼痛严重，局部清洗消毒后，使用百分之五的普鲁卡因软膏涂抹止痛治疗，或者服用止痛的药物。建议一定要积极服用抗病毒的药物治疗，比如三氮唑核苷、无环鸟苷、抗病毒口服液等，建议最好治疗半年左右，如果没有复发才算痊愈。