生殖器疱疹主要以抗病毒治疗为主，而且一般是首选口服药物治疗，使用的药物有阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦、更昔洛韦等，症状比较严重的患者，或者是通过口服药物效果不明显的患者，可以静脉点滴抗病毒药物，也是选择以上药物的静脉制剂，还可以结合干扰素等增强免疫力的药物来治疗。