从人乳头状瘤病毒感染到出现肉眼可见的疣体，这个时期，称为尖锐湿疣的潜伏期。在潜伏期没有任何症状。当生殖器上皮出现肉眼可见的疣体时，即进入临床期，大部分仍然没有任何不适的感觉。少部分合并有包皮龟头炎者，可以出现局部的瘙痒不适等症状，排尿时由于尿液的浸渍，可以出现局部的灼痛不适感。位于肛门周围较大的尖锐湿疣，于坐位时出现疼痛不适感。