米诺环素副作用是导致体内菌群失调，还有消化道的不适症状，如恶心、呕吐、腹泻以及食欲不振等，严重者会导致食管溃疡、肝肾损伤等。还可能会影响牙齿以及骨骼的发育，婴幼儿以及青少年人群应尽量避免服用。另外米诺环素还有导致皮肤色素沉着、维生素缺乏、贫血以及颅内压升高等副作用。