低分子肝素钙和肝素钠的区别通常是副作用不同和价格不同。低分子肝素钙和肝素钠都属于常见的抗凝药物，治疗作用上没有明显区别，但是肝素钠的副作用要小一些，不良反应要小一些，价格要高。具体使用哪种药物患者需要在医生的指导下服用，避免私自或者擅自服用这些药物，以免对身体造成影响。