氨基酸奶粉的副作用比较小，一般情况下，很少出现副作用的情况，但是如果使用不当或者对奶粉过敏的话，可能会出现皮肤瘙痒、肥胖、恶心、呕吐、腹泻等消化不良或者过敏性症状。氨基酸奶粉主要是针对过敏体质婴幼儿设计的特殊配方奶粉，可以避免婴幼儿对蛋白质过敏的情况，因为奶粉是将牛奶中的蛋白质进行了完全分解或者部分分解。