磷霉素氨丁三醇散的副作用主要会引起消化系统出现不良反应，有些患者表现为腹泻以及腹胀等一些现象，很可能导致病人出现头晕头痛以及恶心，女性患者在服用这些药物之后，有可能出现月经紊乱。最好可以在医生指导下服用，如果服用药物之后出现皮肤皮疹现象，应该立即停止服用。