会厌囊肿手术不会特别痛苦的。对于耳鼻喉科来说，属于比较常见的手术。首先在手术时，多采用全身麻醉，所以手术过程中患者不会有任何的痛苦感。而对于术后，因为需要使用到喉镜，会对咽喉部造成一定的刺激，所以术后咽喉部会有一定的不适感，后可逐渐消失。手术部位可以微创，所以术后不会有明显疼痛感。