内生性软骨瘤有可能会癌变。不过这种肿瘤大多数是属于良性的癌变的几率，也是根据肿瘤的位置决定，如果是软骨瘤长在了手指或者是脚趾的部位，出现恶病的几率还是比较小的。如果是出在了肠管骨内，就会容易引起恶变。内生性软骨瘤如果是发生在骨内，也被称为中心型，这种疾病可能是单一病灶，也可能是多发病灶。