主要的区别是发病原因不同和症状不同，皮下囊肿主要是毛囊受到阻塞导致毛囊分泌物不能及时排出形成，会在皮肤上出现表面光滑和比较柔软的肿块。脂肪瘤有可能是脂肪下有害物质比较多，长时间堆积形成，会在皮肤上出现比较硬的肿块。出现皮下囊肿和脂肪瘤，需要及时到医院做B超检查来判断选择手术治疗。