灵芝孢子粉的副作用有可能会出现皮肤发红、瘙痒、皮疹、荨麻疹或者呼吸不畅等过敏的现象，如果服用过量的话，还可能会引起肝功能和肾功能的损伤，严重时还会危及生命。灵芝孢子粉需要在医生的指导下合理地使用，对灵芝过敏以及患有心脏病、肝肾疾病的人群不可以吃，否则会加重器官的衰竭，脾胃虚弱以及患有慢性疾病的人群也不可以吃。