益生菌的主要作用是改善腹泻、便秘，调节机体免疫力，防止过敏等。另外，益生菌在一定的程度上也起到抗肿瘤、治疗疾病的作用。益生菌还可以促进畜禽生长，产生各种消化酶，并且能够缓解由于饮食不当或者有长期运用抗生素导致的菌群紊乱等疾病。