脑干肿瘤的发生，首先具有家族遗传性，对于家族中直系亲属存在脑干肿瘤者，那么患有脑干肿瘤的几率也会相对升高。与平时接触相关的有毒物质以及长时间处于辐射状态者，更容易发生脑干肿瘤。与感染性因素也有一定的关系，比如病毒感染，长期的吸烟、饮酒等不良嗜好者，也可能会导致脑干肿瘤。